Гидрофобные кластеры
1. Поиск гидрофобных кластеров в структуре белка 5uy7.
С помощью программы CluD с параметрами по умолчанию были найдены 6 гидрофобных кластеров, три из которых состоят всего из 3х атомов (установленный минимум в параметрах по умолчанию) (фиолетовый, циановый, бордовый), один из 5ти атомов (розовый), один из 9ти атомов (синий) и один из 583 атомов (оранжевый).
Такой разброс гидрофобный атомов по всему белку и внутри не позволяет выделить важные участки, небольшие области плотного скопления гидрофобных атомов. Поэтому поиск был произведен с измененными параметрами: Distance threshold = 4.0, и кластеры, состоящие из более чем 7ми атомов. Так было найдено 13 кластеров, они покрашены разными цветами на рисунке ниже. Большинство кластеров находятся внутри белка, между альфа спиралями, между бетта листом и альфа спиралью, между петлей и альфа спиралью. Можно предположить, что гидрофобные кластеры поддерживают расположение элементов вторичной структуры относительно друг друга.
2. Поиск гидрофобных кластеров в комплексе белка с ДНК.
В качестве объекта изучения была выбрана структура 4KNY транскрипционного регулятора KdpE в комплексе с ДНК. Поиск с помощью программы CluD был произведен с теми же параметрами. Было обнаружено 20 гидрофобных кластеров. Большинство из них расположено либо внутри белка, поддерживая расположение спиралей, тяжей и петель, либо между цепями ДНК, поддерживая их расположение друг отностительно друга. Из второй картинки видно, что кластер розового цвета, поддерживающий синюю цепь белка, вплотную распологается к циановому кластеру поддерживающему ДНК. Возможно, эти гидрофобные кластеры поддерживают связь белка с ДНК. Однако в области близкого расположения зеленой цепи белка с ДНК не было найдено гидрофобных кластеров. Вероятно функциональную значимость для связывания белка с ДНК имеет лишь синяя цепь ДНК. Этот белок является регулятором транскрипции бектерий, он связывается со специфическим участком последовательности ДНК и запускает транскрипцию.
Ссылки:
© Кузнецова Ксения, 2015